L'adaptation des bactéries aux changements environnementaux nécessite une réorganisation rapide de l’expression du génome. Cette réponse adaptative est médiée par des facteurs de transcription spécifiques, la topologie de l'ADN et des régulateurs globaux représentés par les protéines associées aux nucléoïdes (NAPs), qui contraignent le sur-enroulement de l’ADN et modulent la structure de la chromatine et la transcription de nombreux gènes.

La chlordécone (CLD) est un pesticide organochloré utilisé pour lutter contre le charançon du bananier aux Antilles et responsable dune contamination de grande ampleur plus de 30 ans après sa dernière utilisation. Pour limiter l’exposition humaine à la CLD, nous proposons de développer la bioremédiation enzymatique, basée sur l’utilisation d’enzyme dégradant les polluants organiques. Pour cet usage, les déhalogénases qui peuvent déchlorer des molécules organochlorées semblent une approche prometteuse.

Chez les procaryotes, la fréquence des acides aminés dans les protéomes est fortement corrélée avec la température optimale de croissance (OGT), mais les schémas de substitution associés et leur dynamique restent mal compris. Le projet ThermAdapt aborde ces deux questions importantes par une approche originale combinant génomique, reconstructions de séquences ancestrales, modélisation structurelle, biologie expérimentale et homologie persistante. Le projet ThermAdapt vise à :

A cause de l’augmentation de la population et de l’urbanisation, fournir une eau potable bactériologiquement sure devient un problème majeur. La raréfaction de l’eau va conduire à utiliser des eaux recyclées qui peuvent être porteuses de pathogènes. Il y a donc un besoin de développer des systèmes simples et rapides pour détecter ces bactéries dans l’eau. Les systèmes existant (mise en culture après centrifugation, PCR,etc…) sont longs et peu compatibles avec une détection sur site.

Des bactéries d’espèces pathogènes pour les plantes peuvent être isolées dans des environnements variés tels que le sol, l’eau ou des plantes sauvages saines.

Les données de transcriptomique suggèrent que les gènes bactériens sont co-régulés le long de domaines spatiaux sur le génome, même lorsqu’ils ne partagent aucun facteur de transcription, ce qui échappe aux modèles de régulation classiques.

Comprendre et modéliser le fonctionnement intégré du complexe micro-organismes-plante pour le développement de nouvelles stratégies culturales basées sur l’ingénierie du microbiome.

On relie deux innovations majeures avec l'adaptation des membranes plasmiques aux pH et températures extrêmes: la synthèse de lipides transmembranaires bipolaires et la liaison éther des chaînes carbonées sur la molécule de glycérol.