L'INSA de Lyon participe activement à la vie de 8 Ecoles Doctorales co-accréditées par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) et assure la tutelle des écoles  : MEGA et MATERIAUX.

Chaque Ecole Doctorale rassemble des équipes de recherche reconnues (EMR ou EA) autour d'un projet de formation par la recherche pour une insertion dans une carrière scientifique, en France ou à l'étranger dans le secteur public ou privé.

Un statut de jeune chercheur

Le diplôme de docteur de l’INSA de Lyon est obtenu à l’issue d’un travail scientifique de 3 ans minimum, effectué sous la conduite d’un directeur de thèse, chercheur ou enseignant-chercheur permanent, et titulaire du diplôme national d’Habilitation à diriger des Recherches (HDR). Il peut être assisté par un collègue non HDR, autorisé à codiriger une thèse par le Directeur de l’INSA de Lyon. La durée moyenne d'une préparation de thèse en 2009 est de 42 mois (l’objectif national fixé par le Ministère est de 40 mois en 2010, pour les doctorants recevant une aide de l’état).

Le statut des doctorants est celui d’un jeune chercheur, membre à part entière d’une équipe de recherche, payé sur des supports financiers obtenus par le laboratoire et venant de l’Etat, de l’Union Européenne, de la région Rhône-Alpes, de gouvernements étrangers ou de contrats industriels.

Des cadres scientifiques innovants

Les études doctorales à l'INSA de Lyon offrent aux titulaires du grade de Master, en particulier aux ingénieurs, l'opportunité d'accéder au grade de Docteur par une formation d'excellence à 'innovation dans le domaine des sciences de l'ingénieur.
Les doctorants bénéficient d'un statut de jeune chercheur en formation, reconnu au sein de l'établissement, avec en particulier un niveau minimum de ressources mensuelles et un accompagnement administratif facilitant le parcours doctoral et l'insertion professionnelle.
Même si seulement 4% des ingénieurs INSA poursuivent en doctorat dans l'établissement, ils représentent environ 20% du flux entrant en doctorat. Par ailleurs, 1 doctorant sur 2 à l'INSA de Lyon est étranger et 30% des inscrits sont des femmes.