Chaque filière est hébergée dans une structure administrative, le département.
Ainsi, l'INSA de Lyon compte 10 départements :

• Les filières "Biochimie et Biotechnologies" et "Bio informatique et Modélisation" dépendent du département Biosciences.
   
• Les filières "Génie Mécanique Conception" et "Génie Mécanique Procédés Plasturgie" du département "Génie Mécanique Conception".

Les ingénieurs formés sont aptes à évoluer en milieux et situations complexes. Ils sont ouverts sur le monde, responsables, autonomes et communicants.

L'INSA de Lyon développe chez ses futurs ingénieurs une grande capacité d'innovation et favorise l'émergence de leur désir d'entreprenariat (création d'activité, création d'entreprise). L'école a d'ailleurs créé en 1998 la filière Ingénieur Entreprendre.

1^re année

La première année est constituée essentiellement du socle de la formation scientifique et technique du département, d'un premier apprentissage du travail en groupe, d'une formation à la gestion de projet et d'enseignements relevant des Sciences Economiques, Humaines et Sociales. Elle peut être suivie ou non d'un séjour linguistique dans un pays francophone ou d'un stage industriel court de niveau technicien.

2^e année

En seconde année, des compléments à la formation de base sont dispensés parallèlement à des cours d'application ainsi que d'approfondissement du “monde de l'entreprise”. Elle peut être réalisée à l'étranger dans l'une des universités partenaires de l'INSA de Lyon. Cette année se termine généralement par un stage industriel long (4 à 6 mois) en France ou à l'étranger.

3^e année

Elle comporte :

• un tronc commun
   
• des options à hauteur d'un tiers du face à face pédagogique afin d'atteindre dans certains domaines, le niveau scientifique et technique demandé par les entreprises.
   
• un Projet de Fin d'Etudes (PFE) réalisé dans la plupart des cas dans l'un des laboratoires de l'INSA de Lyon sur un sujet proposé par un industriel. Ce PFE, réalisé par équipe de 2 à 4 étudiants, fait appel aux connaissances scientifiques et méthodologiques dispensées pendant la formation et permet d'évaluer les compétences acquises par les étudiants. Le PFE est un véritable projet réalisé sous la supervision d'un enseignant chercheur en utilisant les méthodes et outils des laboratoires de recherche.

Les élèves-ingénieurs ont aussi la possibilité de préparer un master recherche en double cursus ce qui permet à certains de continuer en thèse juste après l'obtention de leur diplôme. Cette année ou uniquement le PFE peut être aussi réalisé au sein d'une des universités étrangères partenaires de l'INSA de Lyon.

Les élèves-ingénieurs inscrits dans les sections arts-études du premier cycle maintiennent leur activité lorsqu'ils intègrent les départements de spécialité.