Cada filial forma parte de una estructura administrativa, el departamento.
El INSA de Lyon cuenta con 10 departamentos:

•  Las filiales "Bioquímica y Biotecnologías" y "Bio informática y Modelización", dependientes del departamento de Biociencias.
   
• Las filiales de "Ingeniería Mecánica Diseño" e "Ingeniería Mecánica Procedimientos de Plasturgia" del departamento de "Ingeniería Mecánica Diseño".

Los ingenieros formados están aptos para evolucionar en medios y situaciones complejos. Están abiertos al mundo, son responsables, autónomos y comunicantes.

El INSA de Lyon desarrolla en sus futuros ingenieros una gran capacidad de innovación y favorece la emergencia de su deseo empresarial (creación de actividad, creación de empresa). Es por ello que la Escuela creó en 1998 la filial Ingeniero Empresario.

1er año

El primer año constituye esencialmente de la base de la formación científica y técnica del departamento, de un primer aprendizaje del trabajo en grupo, de una formación a la gestión de proyectos y de enseñanzas en el campo de las ciencias económicas, humanas y sociales. Éste puede ser seguido (o no) de una estancia lingüística en un país francófono o de una práctica industrial corta de nivel técnico.

2do año

En el segundo año se brindan complementos a la formación de base, paralelamente a cursos de aplicación, así como de profundización del "mundo de la empresa". Este puede realizarse en el extranjero, en una de las universidades asociadas del INSA de Lyon. Este año se termina generalmente con una práctica industrial prolongada (de 4 a 6 meses), en Francia o en el extranjero.

3er año

Ésta incluye:

• un tronco común
   
• opciones de hasta un tercio de cursos pedagógicos, a fin de alcanzar, en ciertos campos, el nivel científico y técnico requerido por las empresas.
   
• un Proyecto de Fin de Estudios (PFE) realizado, en la mayoría de casos, en uno de los laboratorios del INSA de Lyon, sobre un proyecto propuesto por un industrial. Este PFE, realizado por equipos de 2 a 4 estudiantes, pone en práctica los conocimientos científicos y metodológicos recibidos durante la formación y permite evaluar las competencias adquiridas por los estudiantes. El PFE es un verdadero proyecto, realizado bajo la supervisión de un profesor investigador, utilizando los métodos y herramientas de los laboratorios de investigación.
   

Los estudiantes-ingenieros tienen también la posibilidad de preparar una maestría de investigación en doble programa de estudios, el cual permite a algunos continuar con la tesis, inmediatamente después de haber obtenido el grado. Este año únicamente el PFE también puede realizarse al interior de las universidades extranjeras asociadas del INSA de Lyon.

Los estudiantes-ingenieros inscritos en las secciones artes-estudios del primer ciclo mantienen su actividad cuando integran los departamentos de especialidad.